《井冈山学院学报》由原《井冈山师范学院学报》(双月刊)更名而成。
    原《井冈山师范学院学报》创刊于1980年，原名《江西师院井冈山分院院刊》，1982年更名为《吉安师专学报》，1988年获得国内统一刊号为N36-1041,1994年获国际标准刊号为ISSN1006-1975。1995年《吉安师专学报》在国家科技司主办的全国高校自然科学学报系统的评比中获得“全国高校自然科学优秀学报二等奖”。2000年第三期开始改为《井冈山师范学院学报》，刊号为CN36-1244/G4，综合版双月刊。该刊先后成为以下数据库收录期刊：《中国期刊全文数据库（CJFD）》、《中国数字化期刊群—万方数据库》、《中文科技期刊数据库》。1985年至今被《新华文摘》、中国人民大学“书报资料中心”及《高等学校文科学报文摘》等报刊全文复印、转载二百余篇。
    2005年6月经新闻出版总署批准，将《井冈山师范学院学报》更改成《井冈山学院学报》（月刊）,国内统一刊号为CN36-1284/C，国际标准刊号为ISSN1673-4718，分哲学社会科学和自然科学出版，国内外公开发行,每期页码为136页。

    《井冈山医专学报》创刊于1980年，原名为《江西医学院吉安分院院刊》，1993年更名为《井冈山医专学报》，1998年8月获得国内统一刊号CN36-1215/R，同年10月获得国际标准刊号ISSN1008-2735，2001年8月经江西省新闻出版局批准由季刊更改为双月刊。先后成为以下数据库收录期刊：中国核心期刊（遴选）数据库、中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）统计源、中国期刊网（CNKI）、中国期刊全文数据库（CJFD）、中文生物医学期刊文献数据库（CMCC）、中文科技资料目录—医药卫生收录源。

    2000年《井冈山医专学报》获得 “全国高职高专优秀学报三等奖”。
    2001年《井冈山医专学报》在中宣部、新闻出版总署、科技部、教育部组织指导、清华大学主持开展的《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范》执行评优活动中，被评为《CAJ-CD规范》执行优秀期刊。
    2002年5月《井冈山医专学报》再次获得“全国高职高专优秀学报三等奖”，并经国家卫生部和国家药品监督管理局共同审核，被认定为全国允许发布处方药广告的医药专业刊物之一。
    2004年5月《井冈山医专学报》获得“全国高职高专优秀学报一等奖”。 
       
    学报在井冈山大学党、政的正确领导下，高举邓小平理论伟大旗帜，以“三个代表”重要理论和科学发展观为指导，解放思想，深化改革，锐意进取，正沿着正规化、规范化和开放型的方向不断向前发展。